Los secretos de la estructura básica de la vida desvelados por la inteligencia artificial, descubrimiento científico del año

A veces es fácil llenarse la boca con expresiones como “santo grial”, “paso de gigante” o “descubrimiento revolucionario” al hablar de un logro científico. Pero cuando se trata de revelar la forma de las proteínas con la sencillez de quien busca algo en Google, esas palabras encajan como un guante. Este año se ha confirmado que la inteligencia artificial es capaz de adivinar la estructura de estos motores básicos de la vida, las proteínas, una de las claves fundamentales de la biología. Y es un logro por partida doble: “Primero, porque resuelve

[#1 sotillo]

¿ Ya sabemos como empieza la vida?

[#29 Technics]

#1 TITULAR: Los secretos de la estructura básica de la vida desvelados por la inteligencia artificial
Traducción:
secretos == como se pliega
estructuras básicas de la vida == proteínas
desvelados == predicho con un porcentaje alto de precisión
por inteligencia artificial == AlphaFold

El titular sin tanto clic bate:
IA predice el plegamiento de proteínas, considerado descubrimiento científico del año

[#62 lectorcritico]

#29 Entiendo que esto sirve para saber el ADN que hay escribir para conseguir una proteina dada?
#51 Entonces sirve para saber el resultado del ADN en proteina o para saber el ADN necesario para construir una proteina?
#15 Tampoco considera, como es lógico, las modificaciones postraduccionales.
Eso me suena a que hacen los priones, pero no conozco mas casos. Tambien hay proteina que no solo tienen aminoacidos. La clorofila tiene tiene magnesio y la hemoglobina hierro. He oido que son…   

[#66 eldarel]

#62 Esta IA te dice la estructura 3D de la proteína, que ya da mucha información sobre qué funciones hace, con quién interactúa, etc.
El ADN (en realidad el ARN) viene a ser el manual de instrucciones para fabricar la proteína. Como los papeles de lego o los de Ikea.

En química orgánica, se usa la cristalografía para averiguar la estructura 3D de un compuesto orgánico, ya que sólo composición química (tantos átomos de aquí y de allá) no explican las propiedades del compuesto. Necesitas más información para identificar quién es.

[#67 pikutara]

#62 Entiendo que esto sirve para saber el ADN que hay escribir para conseguir una proteina dada?
Entonces sirve para saber el resultado del ADN en proteina o para saber el ADN necesario para construir una proteina?

Sirve para saber la estructura tridimensional de la proteína a partir de su secuencia, la cual, hasta cierto punto se puede saber a partir de la secuencia de ADN. También se ha planteado su uso para el diseño de proteínas probando diferentes secuencias para obtener una…   

[#68 lectorcritico]

#67 Supongo que eres bioquimico o algo asi.
Habia llegado a leer que la clorofilia y la hemoglobina era la misma proteina pero con mg-Fe intercambiado. Veo que no llega a tanto.
No se como se codificará que una proteina lleve Mg, Fe u otro mineral, supogo que es una modificación postraducionales.

[#69 pikutara]

#68 La clorofila no es una proteína, es un pigmento que coordina magnesio. La hemoglobina es una proteína que tiene como cofactor el grupo hemo, que coordina hierro y se parece mucho a la clorofila. La coordinación del metal en este caso depende del cofactor, no de la proteína propiamente dicha.

[#50 Pablosky]

#29 Me mola mucho lo de Clic BATE, se me ha pasado por la mente a alguien que visita al redactor jefe con un bate de béisbol para que le arregle los titulares (o algo)

[#72 Technics]

#50 Otro click? Eso si que se merece un golpe de remo!!

Click-Remo

[#41 j-light]

#29 y algunosn algoritmos como las redes neuronales no te dicen como han llegado al resultado. Asi que basicamente seguimos sin saber, pero tenemos una herramienta para predecir.

[#51 VictorSaurio]

#41 Si sabes. Que manía con opinar sin saber (perdona pero es lo que veo en tu comentario):

- Los plegamientos ocurren por tensiones entre átomos y moléculas, y estas interacciones están perfectamente descritas por la física ya desde hace décadas.
- La IA te dice la forma final de la proteína, que es lo que quieres saber. Básicamente sirve para averiguar como una cadena de ADN genera una "nanomáquina", que luego tiene tal o cual función en el cuerpo. Si el ADN es un programa esta IA…   

[#53 j-light]

#51 yo de medicina no se, pero de IA un poco, y ciertos algoritmos no te dicen como llegan al resultado, son como una caja negra en ese aspecto. Que tengas otros metodos para saberlo posteriormente, vale. Mi comentario no pretendia quitarle valor a la IA, solo señalar los limites de lo que te proporciona como herramienta. A ti te parece irrelevante, a mi me parece oportuno y un dato muy interasante.

Que esta de puta madre, como he dicho, es una herramienta y no es la primera ni la ultima que…   

[#54 Carnedegato]

#51 No por favor, no más chises en el cuerpo..

[#63 perrico]

#29 Aunque te parezca increíble, a mucha gente lo del plegamiento de las proteínas se la sopla porque no entiende la importancia que tiene.
Para hacer divulgación, a veces es bueno un titular de ese estilo y que luego en la noticia te expliquen en qué consiste.

[#70 Technics]

#63 Para nada, que sea la estructura tridimensional (la forma tras plegarse) de una proteína sea la que otorgue sus propiedades y características no es para nada intuitivo. Entiendo que el publico general no esté al tanto de la importancia que tiene el plegamiento de una cadena de aminoácidos y sus implicaciones biomédicas, pero el titular me huele a cuerno quemado aunque entiendo lo que dices. Si pones directamente AlphaFold o proteína en el titular a muchos lectores los has perdido antes de empezar.

[#57 --673921--]

#29 que artura de click bait copon......

[#5 Quecansaometienes...]

#1 Con la V

[#26 estemenda]

#1 Joder, aquí:
(Cuadro "El origen de la vida", de Gustave Courbet eh, no pr0n)  

[#42 danihr]

#26 Santo Dios... puede hacerse un abrigo

[#61 estemenda]

#42 Poco me parece

[#43 --619630--]

#26 esa es solo 1 parte pero no voy a poner la otra no vaya a ser que se convierta en viral estas navidades

[#21 gustavocarra]

#1 Si, aquí: en.wikipedia.org/wiki/Lost_City_Hydrothermal_Field

pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?term=alkaline+vent&filter=pubt.review&

[#2 dnnd]

No me gusta la exageración. Con ser el descubrimiento científico del año ya se dice mucho. Creo que de la década incluso pero bueno, con que sea del año ya es algo valiosísimo. El impacto en mejorar nuestras vidas puede ser enorme. Gracias.

[#15 pikutara]

#2 A mi me parece que todo esto es principalmente márketing de Google. Ni siquiera me parece un descubrimiento. Es un avance tecnológico. Ya había algoritmos que hacían esto antes de Alphafold, lo que pasa es que Alphafold lo hace ahora mucho mejor. Los propios creadores lo repiten constantemente en sus charlas: "la estructura obtenida por Alphafold requiere de validación experimental para poder ser utilizada". Y yo esto lo he comprobado con un caso donde la estructura de Alphafold no…   

[#45 Acuantavese]

#15 A lo mejor tú sabes responder, que evita que tengas que revisar todo el output generado? Y si es así, para que sirve esto aparte de jugar?

[#49 pikutara]

#45 A lo mejor tú sabes responder, que evita que tengas que revisar todo el output generado?

Alphafold te da una única estructura como output, por lo que el asunto se simplifica. También está la opción de obtener varias estructuras y compararlas, pero las medidas de fiabilidad que Alphafold da a sus propias estructuras no son malas así que uno pude hacerse a la idea de cómo de fiable es la estructura (incluso cada parte de la estructura) a partir de ellas. Esto funciona tan bien que se…   

[#47 Thony]

#15 Creo que lo fantástico en sí, no es el descubrimiento que no han hecho, sino la HERRAMIENTA que han diseñado estos dos grupos.

Es como cualquiera de las múltiples herramientas que usamos en el laboratorio. PCR, fotómetro de masas, extracción y estabilización de RNA, más todos los software relacionados con la lectura del DNA para la NGS.

Han diseñado una herramienta que revolucionará el avance en investigación médica, y eso creo que es lo que busca destacar el artículo.

[#52 pikutara]

#47 Sí, no es un descubrimiento, es una herramienta y una herramienta valiosa, pero en el artículo hay varias frases exageradas hasta la falsedad ya que da a entender que se ha solucionado el problema del plegamiento, lo que es total y absolutamente falso. Primero porque el problema que aborda es el de la estructura, no el del plegamiento (el plegamiento es el mecanismo por el que la proteína alcanza su estructura) y segundo porque el problema de la estructura sigue sin ser resuelto, pues las estructuras de Alphafold requieren ser testadas experimentalmente, como reconocen sus autores. Porque no son los autores los que mienten (o se equivocan), son los medios de comunicación generalistas.

[#23 pikutara]

#22 En #15 lo explico en más detalle.

[#37 ppma]

#15 Como cabe esperar de algo que no es inteligencia, sino correlación multivariable.Esto, junto con la computación cuántica, serán los bluf de la próxima década, como lo ha sido el grafeno en esta última. Están siguiendo un ciclo de sobreexpectación de manual.

[#40 pikutara]

#37 Estoy de acuerdo en que no es inteligencia, pero no tanto en que vaya a ser un bluf. Es un método para resolver problemas por fuerza bruta y sin llegar a entender la naturaleza del problema que verdaderamente puede funcionar, aunque también puede llevar a grandes errores si sobreestimamos lo que verdaderamente es. La computación cuántica puede ser una revolución, pero no en los ámbitos que algunos esperan.

[#14 foxaxel]

#4 Tanto lobo han hecho que no me crea ninguna noticia.

Es esta diferente? Seguro que no aplica solo a 2 proteínas y en entorno controlado dándose lo todo mamado a la IA? Seguro que no tiene ni la mitad de de aplicaciones que dice y solo adivina moléculas de forma "que no nos vale para nada"?

[#25 Sebastian_Wilder]

#14 Si solo lees los títulos normal que no te creas nada. Todo lo de lo que dudas se resuelve dentro de la noticia.

[#18 --219330--]

#14 Y además, ni grafeno tiene.

[#31 kavra]

#18 ...ni grafeno, ni blockchain, ni cura el cáncer ...irrelevante

[#65 perrico]

#31 Es muy probable que ayude a curar el cáncer.

[#30 Technics]

#2 Es que es tan subjetivo el considerar que es más o menos importante. A mi me parece un avance brutal en biomedicina. Valorar si es más importante que otros en campos totalmente diferentes...

[#3 porcorosso]

Hablaron de ello en "Órbita Laika"
A partir del minuto 40
www.rtve.es/play/videos/orbita-laika/made-in-spain/6234612/

[#6 jnapier]

Por favor, que diosito no se enfade

[#19 --349396--]

#6 Dáselo de mi parte si te dice algo:

[#7 Janssen]

Muy interesante, aprender de la ciencia no debería por que afectar cierta creencias personales místicas...

[#12 sleep_timer]

#7 De hecho mi elefante invisible ajeno al principio de exclusión de Pauli sigue en mi garaje.

[#38 DeepBlue]

#12 No veo por qué puede alguien dudar de tu palabra, simplemente es un elefante invisible de material bosónico

[#8 --690957--]

Es flipante y encima sencillo de usar:

- Te bajas la imagen de Docker, Singularity o lo instalas en un entorno de conda.
- Te bajas los 2.2 TB de bases de datos.
- Te creas el fichero fasta con la secuencia o secuencias de aminoácidos.
- Mandas plegar.

Y ya está. Revoluvionario es poco.

[#9 Cuchifrito]

#8 ¿Funciona también para camisetas y calcetines?

[#20 --349396--]

#8 Oye, pues está muy bien, muy práctico para el día a día...

[#64 perrico]

#20 Al día a día se va acelerar la creación de medicamentos teniendo claro a que diana hay que apuntar.
Va a ser una revolución de la medicina.
No se puede menospreciar el conocimiento básico. Es el origen del resto del conocimiento.

[#39 frg]

#8 Desconocía la existencia de Singularity, y desde la ignorancia pregunto, ¿qué pueden proporcionar estos containers fuera de entornos HPC?

[#44 --690957--]

#39 Yo los utilizo en entornos de HPC, pero te permitiría correr legacy software o compilar aplicaciones en un OS de tu elección sin la necesidad de tener un servicio corriendo como con Docker, por ejemplo. Al fin y al cabo el overhead para el sistema es casi nulo ejecutando desde containers.

Hay otras soluciones como Shifter si quieres echarle un ojo

[#46 frg]

#44 Ahora mismo uso lxc, y estoy probando (sin convencerme) lxd. No se si se adecuarán a lo que necesito, pero le voy a dar un vistazo a las alternativas que mencionas. Gracias.

[#10 ayana]

Este invento no sabe las formas de las proteinas. Las supone. A veces acierta y a veces no. Nada te libra de tener que comprobar que ha acertado por los costosos medios tradicionales.

[#13 perrico]

#10 Lo que pasa es que el grado de acierto es enorme.
Acierta casi siempre.
Antes había que comprobar cientos de suposiciones.
Ahora se trata de comprobar una que te dan en bandeja.
Y a medida que se usa más, tiene mayor grado de acierto.

[#22 --349396--]

#16 #13 #10 Mucho, poco,... algún dato concreto?

[#27 perrico]

#22 Según este artículo, las predicciones de Alpha Fold son tan precisas como los métodos que se utilizan para comprobar las predicciones.
www.investigacionyciencia.es/noticias/la-inteligencia-artificial-de-de
De hecho da bastante información especializada.
Incluso predice cuando una secuencia produce formas "desordenadas", es decir que pueda dar lugar a varias formas y no solo a una.

[#34 eldarel]

#27 Debe ser por el algoritmo utilizado.
Las redes neuronales de IA suelen crearse para dar varios resultados con una especie de intervalo de confianza.
Habrá ocadiones en las que no dé ningún resultado coherente (cuando el algoritmo no converge).

[#48 perrico]

#34 Este no parece ser el caso. Parece que hay algunas proteínas concretas en las que la misma secuencia pero pueden adoptar algunas formas distintas. Parece que detecta estos casos. O por lo menos eso me ha parecido entender en el enlace que he puesto.
Me ha hecho recordar el caso de la Talidomina, que dependiendo de su orientación (dextrógira o levógira) evita los vómitos del embarazo o causa malformaciones en el feto. A pesar de que la composición y secuencia de la molécula es la misma.

[#56 eldarel]

#48 Tenía entendido que Alphafold devuelve estructuras tridemendionales de proteínas, no tanto la composición molecular.

[#59 perrico]

#56 Le das la composición molecular y te da la forma.
Veo que en el último párrafo de mi comentario me he liado y he puesto molécula donde debería haber puesto proteína.
Error mío.

[#60 eldarel]

#59 Tu comentario se había entendido. Podemos decir que la proteína es una molécula muy compleja de química orgánica

[#35 Troglobyte]

#13 y además es de uso libre para la comunidad científica, por lo que el trabajo colaborativo puede acelerar las cosas enormemente. Algo así fue lo que permitió la secuenciación del genoma humano en plazos mucho más cortos.

[#58 bicha]

#13 solo si tu proteína es muy similar a otras proteínas..

[#17 jujutsu]

#10 ¿de verdad te parece poco? cuando se inventó la primera computadora que poco más que sumaba, restaba y tal muchos dirían, total se necesita poco para algo que puedes hacer con un ábaco

[#28 --516070--]

#17 La primera computadora ya era programable.

Las computadoras actuales hacen poco más que sumar y restar.

Nadie podía hacer esto con un ábaco.
La ENIAC ocupaba un cuarto de aproximadamente 167 m2, pesaba 30 toneladas, era capaz de ejecutar en un segundo aproximadamente 5.000 sumas, 357 multiplicaciones o 38 divisiones.

Y no hacía predicciones. Daba resultados. Lo de la noticia "sólo" es una IA que manda suposiciones.

[#33 ayana]

#17 No sé de donde sacas tú que me parece poco. Yo no he dicho nada de eso.

[#16 pikutara]

#10 Exacto, y es algo que reconocen sus creadores, pero al pueblo llano Google les vende otra cosa.

[#11 bicha]

Desgraciadamente sólo funciona con proteínas que tienen muchos homólogos, pero aún así, es una pasada.

[#24 bicha]

#11 perdón, no homólogos, sino secuencias similares..

[#32 --699742--]

De esto ya hablaron en DOT CSV hace casi un año

www.youtube.com/watch?v=Kp9oMygMPIQ

[#55 jaramero]

Qué pereza de preámbulos... no entiendo cómo meten tanta paja en artículos de ciencia... a mí me espantan con esa mierda.

A veces es fácil ser un cuñado, pero la ia no lo es porque...

¿No saben ir al grano?

Y siempre el mismo error, una ia tiene siempre detrás a personas que la diseñan y la "entrenan" antes de que pueda solucionar los problemas de la humanidad...

[#71 Technics]

Entiendo que esto sirve para saber el ADN que hay escribir para conseguir una proteína dada?
Al contrario, sabiendo el fragmento de ADN que codifica una determinada proteína puedes determinar como sera la proteína.
Con el ADN sabes de que esta formada la proteína (cada 3 letras del ADN se codifica un aminoácido, una proteína es una cadena de aminoácidos) pero no sabes que forma va a tener porque la proteína se acaba doblando y adquiriendo una forma compleja. La cuestión es que la forma…