Las hormonas de la pubertad están vinculadas a cambios no solo en el cuerpo, sino también en el cerebro. Sin embargo, el Gids sostiene que aún no se sabe si el tratamiento bloqueador de la pubertad "altera el curso del desarrollo del cerebro adolescente". Algunos datos preliminares de un estudio mostraron que algunos de los que tomaron bloqueadores hormonales reportaron un aumento en los pensamientos de suicidio y autolesión, pero no se pudo establecer si fue por el propio medicamento o había algún otro factor detrás de ese aumento.
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