Entre los focos de contaminación de mayor relevancia destacan la minería, los vertederos, la intensificación de la agricultura y las actividades industriales. Se pueden distinguir 2 tipos de vertidos: Los accidentales. Por lixiviación desde los vertederos y derrames accidentales de sustancias peligrosas. Los intencionados. Provocados por la adición de fertilizantes, plaguicidas y otras sustancias tóxicas, el uso de aguas residuales no tratadas para el riego de suelos y la aplicación inadecuada de lodos de depuradora en el sector agrícola.
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