Aunque sean buenos desinfectantes no son buenos antisépticos. Es decir, no son eficaces en la eliminación de gérmenes sobre tejidos vivos especialmente en heridas y mucosas . Esto se debe a que el mecanismo químico por el cual actúan se ve inactivado en gran medida al contacto con tejidos vivos. Lo que hace que desinfecten en superficie pero muy poco o nada en profundidad. Y no sólo eso, son muy poco específicos. No discriminan entre gérmenes y células de los tejidos de la herida, agrediendo a ambos por igual.
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