Una posibilidad que algunos investigadores han apuntado es que el VIH sea en realidad un retrovirus endógeno (REV). Entre los exógenos se encontrarían los virus que provocan algunos tipos de leucemias (HTLV-1 y HTLV-2) y los que ocasionan inmunodeficiencia (VIH-1 y VIH-2). El primer retrovirus endógeno fue descrito en 1981, pero desde que disponemos de la secuencia el genoma humano completa se ha estimado que podrían existir entre 300.000 a 500.000 copias de elementos retrovirales insertadas, suponiendo aproximadamente el 8% de todo el genoma.
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