El problema de la paleontología es la precariedad del registro fósil, sobre todo en ciertas épocas y ciertos sitios. Así por ejemplo, la parte más fiable del registro fósil es la que corresponde a los animales marinos de cuerpo duro como puedan ser bivalvos o criaturas con exoesqueleto. Como tienen partes que fosilizan bien podemos saber más sobre ellos. De hecho, la cronología de las grandes extinciones masivas la establecemos gracias al registro fósil marino de estos animales.
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