La hibernación, periodo durante el cual los componentes redundantes de la nave y los sistemas de control y guiado son apagados, está diseñada para evitar el desgaste de la electrónica de la nave, para disminuir las operaciones de la nave y su coste y para liberar a la DSN del seguimiento y poder dedicarse a otras misiones. Ahora New Horizons 'dormirá' en este modo de giro estabilizado durante la mayor parte del viaje de 8 años que le queda hasta Plutón. Los operadores despertarán a la nave durante unos dos meses al año para chequeos.
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