El instituto se fundó en los años 60, con dinero de la cooperación alemana, e inicialmente se dedicó a introducir el cultivo del fresón híbrido de California en Europa: ese que ahora conocemos como "fresón de Huelva". Luego empezó a trabajar con frutas tropicales. Desde los años 70 se logró producir aguacate, y posteriormente la chirimoya y el mango.
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