Antes que llegan los actuales japoneses con rasgos japoneses, las islas japonesas ya estaban habitadas desde hace mucho por otros aborigenes, los ainu. Probablemente llegaron cuando Japón estaba unida al Asia continental por tierra. Los ainu tienen un idioma sin una relacion con otros idiomas conocidos y no tiene una relación clara con otras razas o genotipos de otras zonas. Más tarde, con la llegada de los japoneses actuales fueron relegados a reductos.
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