Decenas de miles de años de quemas controladas, manejo forestal y desmonte tienen implicaciones en los esfuerzos de conservación modernos y rompien con la imagen de un bosque tropical "intacto" cómo un ambiente naturale prístino antes de la agricultura moderna y la industrialización. La evidencia más temprana de la agricultura en los bosques tropicales se encuentra en Nueva Guinea durante el Holoceno temprano. Los primeros esfuerzos agrícolas en los bosques tropicales, complementados por la caza y la recolección, tuvieron consecuencias importantes. Los seres humanos domesticaron las plantas y animales cómo el ñame, el banano o la patata dulce; alterando las ecologías del bosque y contribuyendo significativamente a la cocina global hoy. En general cuando se aplicaban estrategias de cultivo de bosques tropicales con plantas autóctonas, el daño ambiental no era demasiado grande. Sin embargo, con la intensificación y la introducción de ganado y cultivos externos hace miles de años, estos efectos pasaron a ser menos benignos. La introducción del mijo hace 2.400 años en África, el arroz hace 4.000 en el Sudeste Asiático o el maíz en la selva Maya, incrementaron la erosión del suelo.
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