El proceso de liofilización es el método que mejor conserva el aroma y sabor del café instantáneo. A diferencia del café soluble, el liofilizado no se somete a ninguna manipulación química y, por lo tanto, es más respetuoso y más complejo. Para hacer café soluble, se extrae el polvo de café, que se concentra y se deseca acompañándolo de una pulverización. En este proceso, se pierden el aroma y el sabor, por lo que es necesario añadirlos posteriormente de manera artificial. En el proceso de liofilización, el café se somete a ultracongelación.