La estimulación magnética transcraneal (EMT) se diferencia de la terapia electroconvulsiva (TEC) de varias maneras. Primero, la TEC requiere anestesia general y un posible internamiento en el hospital, pero ese no es el caso de la EMT. Segundo, la TEC conlleva riesgo de confusión y pérdida de la memoria, efectos secundarios que no han aparecido en las personas sometidas a la EMT. Tercero, la TEC desencadena intencionadamente una convulsión corta como parte del tratamiento, pero la EMT no provoca convulsiones.