A pesar de la íntima relación que guardan los dos términos, y aunque uno y otro sean manifestación de un genérico favor rei, existe una diferencia sustancial entre ambos, de modo que su alcance no puede ser confundido. El principio in dubio pro reo solo entra en juego cuando practicada la prueba, ésta no ha desvirtuado la presunción de inocencia. Dicho en otros términos, la aplicación de dicho principio se excluye cuando el órgano judicial no ha tenido duda sobre el carácter incriminatorio de las pruebas practicadas.
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