El Webb monta cuatro instrumentos. Los instrumentos propiamente dichos están montados en un módulo que está instalado en la parte posterior de la torre de instrumentos que también contiene los espejos terciario y de estabilización. Su electrónica está un poco más abajo en la torre y los sistemas de gestión de datos y comunicaciones están en la parte inferior del Webb. Al conjunto se le denomina Integrated Science Instrument Module (Módulo integrado de instrumentos científicos, ISIM).
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