No sabemos si Flamel realmente descubrió algo, pero durante los años siguientes realizó numerosas obras de caridad, financió la construcción de catorce hospitales, asilos de huérfanos , tres capillas, el cementerio de Saint Jacques de la Boucherie, asilos para jóvenes descarriadas y también tuvo dinero para construirse una nueva casa en el año 1407 que aún hoy se puede visitar en el 51 de la rue Montmorency, siendo una de las más antiguas que se conservan en la capital francesa. Cuando intentaron exhumar su cadáver, la tumba estaba vacía.
