Nacido en Nueva York y carpintero de profesión, Watkins fue uno de los cientos de miles de personas que emigraron a California tras la fiebre del oro de 1849. Cuando fracasó en la búsqueda y mientras se dedicaba a vender material para minería descubrió el valle de Yosemite y se empeñó en mostrarlo. Aprendió fotografía, organizó una expedición de 12 mulas con mil kilos de equipo e hizo entre 1861 y 1866 las que todavía son las más bellas imágenes del lugar. Las fotos, fueron definitivas para declarar Yosemite 'inviolable' en 1864.