Se trata de un virus zoonótico, es decir, un virus que se puede transmitir de animales a personas. En el caso del Nipah, su origen parece estar relacionado con los murciélagos y los cerdos. Según la Organización Mundial de la Salud la primera identificación del virus Nipah ocurrió en 1999 en los países asiáticos de Malasia y Singapur.