Es una entidad formada por la asociación de diferentes especies que se transforman en una unidad ecológica. En otras palabras, cuando un animal o planta (huésped) vive en simbiosis con los microorganismos que hospeda (simbiontes), es un holobionte. Algo así como un conjunto de seres fusionados o un complejo multi-especie. Desde el punto de vista anatómico, aproximadamente la mitad de las células del cuerpo humano son microbianas. Además, cada especie de microbio no está asociada a nosotros al azar, sino que se encuentra en lugares concretos.