1948 fue un tiempo estresante para todos los compositores soviéticos, y Shebalin no fue una excepción. Fue acusado de formalismo y destituido de sus puestos en la Unión de Compositores y el Conservatorio. Muchos de sus familiares creen que la primera apoplejía que sufrió en 1953 resultó de los estreses políticos de la época. Pudo recuperarse [...] a excepción de la parálisis de la mano y la pierna derecha. Aprendió a escribir con la mano izquierda y siguió componiendo y enseñando [...] En 1959 sufrió una segunda apoplejía que resultó en afasia.
