La segunda pata de la investigación es la relativa al fraude fiscal, que Rato habría efectuado en una doble vía. Por un lado, a través de "maniobras de ocultación de su patrimonio exterior así como en las maniobras societarias entre las sociedades bajo su control, a fin de retornar a España parte de su patrimonio de manera oculta para la Hacienda española". Y, por otro, facturando a través de "sociedades meramente instrumentales" servicios profesionales que prestaba de manera personal, como conferencias.