Yo el alta censal en el registro de Actividades Económicas hace años precisamente para poder facturar legalmente trabajos esporádicos por cuenta propia. En las facturas me retienen el IRPF y declaro el IVA trimestralmente (aunque en el trimestre en cuestión no haya facturado nada, hay que hacerlo mientras se esté dado de alta). Nunca he tenido ningún problema, aunque mi caso se ciñe perfectamente a lo estipulado: hago tres o cuatro trabajos de ese estilo al año, no es que trabaje de autónomo de forma encubierta sin cotizar.
Lo único un poco extraño fue hace cosa de un año, cuando recibí una carta de un organismo oficial del que no recuerdo el nombre (tenía algo que ver con estadística, aunque no era el INE, si alguien tiene mucha curiosidad puedo buscar la carta). Me pedían detalles sobre mi actividad, diciéndome que tenía que cubrir una encuesta y que era absolutamente obligatoria. La hice sin más, y días después me llamaron por teléfono para aclarar unas dudas que tenían, y que no se les disiparon mientras no les dije que esa actividad era totalmente esporádica. Esa fue la palabra mágica que cerró el asunto. Supongo que era alguna división de la Agencia Tributaria recabando datos para cruzarlos y buscar casos de fraude.