ETA tuvo secuestrados a la madre y a la hija durante 17 días, mientras Esteban debía aparentar normalidad acudiendo a su consulta. Los cuerpos y fuerzas de seguridad del Estado detienen a todos los que asistieron al comando, incluido al doctor. Tras el juicio, Esteban salió en libertad sin cargos. Después de otro atentado contra la Guardia Civil en marzo de 1982, la policía volvió a detener a Esteban. Tras nueve días de torturas, Esteban, muy desorientado, volvió a salir a la calle sin cargos. Volvió a Oiartzun y tres días después falleció.

El 25 de marzo de 1982, casi diez días de detención incomunicada después, Esteban pasa a disposición judicial en Madrid y sale a la calle sin cargos. El abogado Álvaro Reizabal lo encuentra desorientado. Durante el viaje de vuelta a Donostia, el doctor manifiesta un comportamiento errático y dice frases inconexas.

[Traducción] El pasado fin de semana (días 8-9) ertzainas rompieron las placa de Esteban Muruetagoiena con un martillo y según han dado a conocer en Oiartzun después "arrojaron los trozos a una papelera". Unos testigos recogieron los trozos y la fotografíaron. | Sobre Esteban Muruetagoiena: eu.wikipedia.org/wiki/Esteban_Muruetagoiena