En el planeta Zi el Imperio y la República se enfrentan en una guerra para decidir el futuro del planeta usando grandes animales mecánicos conocidos como Zoids la guerra parece recrudecer y olvidarse de quienes no siguen su ritmo de destrucción. Pero aquello cambiará con el descubrimiento de un pequeño Zoid con una niña dentro por aparte de un chico del desierto.