No sabemos si Flamel realmente descubrió algo, pero durante los años siguientes realizó numerosas obras de caridad, financió la construcción de catorce hospitales, asilos de huérfanos , tres capillas, el cementerio de Saint Jacques de la Boucherie, asilos para jóvenes descarriadas y también tuvo dinero para construirse una nueva casa en el año 1407 que aún hoy se puede visitar en el 51 de la rue Montmorency, siendo una de las más antiguas que se conservan en la capital francesa. Cuando intentaron exhumar su cadáver, la tumba estaba vacía.

En 1355 cayó en manos de un copista francés llamado Nicolas Flamel, un ejemplar del Aesch Mezareph (Fuego Purificador), un pequeño tratado de 21 páginas, escrito en hebreo por el cabalista judío rabí Abraham donde, de forma encriptada, se explicaría el secreto para obtener la piedra filosofal. Flamel, personaje histórico totalmente real y documentado, nació en Pontoise (hoy área metropolitana de París) en 1330 y, según cuentan las crónicas, dedicó 21 años de su vida en intentar descifrar lo que decía aquel