Lynn Margulis desafió las bases de la teoría de la evolución de Darwin, partió de la simbiosis de la mitocondria para desarrollar la teoría endosimbiótica. Con su trabajo, que desarrolló hace 50 años, abrió una nueva ventana para observar la vida, una que hoy es muy aceptada: las células eucariotas y todos sus orgánulos surgieron como consecuencia de procesos de combinación entre diferentes organismos. En otras palabras, Margulis dijo que la evolución surge de la interacción y la colaboración y no tanto de mutaciones al azar en los genes...

El origen de los eucariotas es tratado frecuentemente en divulgación como un "hito evolutivo". A partir de antepasados de organización relativamente sencilla (de tipo bacteria) surgió, hace unos dos mil millones de años, algo muy diferente tanto en estructura como en funcionamiento: la complejísima célula que forma los protozoos, animales, hongos y plantas. Los antidarwinistas suelen afirmar que los mecanismos de la teoría evolutiva convencionales no bastan para explicar esta transformación. Uno de sus héroes fue la microbióloga Lynn Margulis.

La teoría endosimbiótica postula que algunos orgánulos propios de las células eucariotas, especialmente plastos y mitocondrias, habrían tenido su origen en organismos procariotas que después de ser englobados por otro microorganismo habrían establecido una relación endosimbiótica con éste. Se especula con que las mitocondrias provendrían de proteobacterias alfa (por ejemplo, rickettsias) y los plastos de cianobacterias. La teoría endosimbiótica fue popularizada por Lynn Margulis en 1967, con el nombre de endosimbiosis.