La cueva de Amalda III fue explorada por primera vez entre 1983 y 1984 por el grupo Antxieta Arkeologi Taldea de Azpeitia. Fruto de esa primera excavación se reveló una secuencia arqueológica de varios niveles con ocupaciones del Paleolítico Medio. Después de las investigaciones realizadas ahora sabemos que estas ocupaciones comienzan en el MIS5 (con una industria Levallois con puntas musterienses y bifaces) y termina a inicios del MIS3 (con una industria de tipo Vasconiense). En estos dos momentos de ocupación, separados por un hiato en el que la cueva a penas fue visitada, observamos cambios sustanciales en las condiciones ambientales y en las respuestas culturales de los grupos de neandertales a esos cambios ambientales. Así, en los niveles más antiguos observamos que los neandertales realizan un alto de corta duración, aprovechando para reparar algunas de sus puntas de lanza.