Entre sus importantes contribuciones a la ingeniería química destacan el descubrimiento y desarrollo de medicamentos como la orsanina (un derivado del arsénico pentavalente) y la rodoquina (medicamento derivado de la quinoleína), drogas que se utilizaron como tratamiento del paludismo al resultar mucho más eficaces que los medicamentos usados hasta entonces.

Cuando cumplió 18 años, Germain tuvo acceso a unos apuntes de las clases que el eminente profesor Joseph-Louis Lagrange impartía en la Escuela Politécnica de París. Los estudió cuidadosamente y dio un paso inédito: al final del curso le envió un trabajo académico al docente francés y lo firmó con el seudónimo de Monsieur Antoine-August LeBlanc, quien había sido un antiguo alumno de esa institución y había abandonado la ciudad.