Muchos expertos han alertado en múltiples ocasiones de los riesgos y peligros de permitir ciertas patentes, como por ejemplo, las de programas de ordenador, que deberían quedar protegidos en exclusiva por la Ley de Propiedad Intelectual. Este tema parecía que había quedado zanjado en Europa en el año 2005, pero sin embargo, la legislación española, de aprobarse finalmente el texto del actual Proyecto de Ley de Patentes, podría llegar a permitir la patentabilidad de lo que antes no era patentable, como es el caso de los programas de ordenador.