Mi opinión es que está bastante peor que el actual, se ve sin acabar:
* El cambio de distribución me parece bien, pero la cabecera no está demasiado bien pensada para ser útil, sigo:
* La primera barra, tiene la letra excesivamente pequeña, como comentan por ahí no estaría mal que los campos de usuario y clave estuvieran directamente visibles y no en una página separada. Si alguien busca la ayuda, va a necesitar ayuda para encontrar el botón de ayuda, con que pusiera "ayuda" al lado del icono sería suficiente. El campo de buscar es muy muy pequeño y con la cantidad de blanco que hay alrededor ni se ve.
* Los botones de al lado de eli: el primer botón que ve un usuario no registrado es "enviar noticia", y precisamente es de las pocas cosas que no puede hacer, le invitaría a registrarse. Y la fisgona y el nótame son tan importantes? los usuarios típicos no creo que entren nunca (gran cantidad de información y ningún orden dentro, a parte de ser demasiado específico de la comunidad).
* ¿Por qué está el mapa antes que las noticias populares? Y menear pendientes no se ve.
* La división en categorías no es nada clara para el usuario, esta demasiado atiborrado y hay demasiadas, personalmente nunca he usado las subcategorías, sólo las 5 principales. Se me ocurre no poner las subcategorías cuando está seleccionada la categoría "todas", y alomejor funcionaría una lista de subcategorías al pasar por encima de tecnología, etc.
El resto está bastante bien, o ya estamos acostumbrados
En cuestiones de diseño es más difícil estar de acuerdo porque es muy personal, pero me parece que podría quedar mejor y más profesional. El naranja suave con blanco me parece bastante feo, le faltan contrastes. El que todos los textos estén en negro queda bastante mal, por los contrastes, el negro sobre el naranja (en los comentarios por ejemplo) está bien, pero con el fondo blanco parece que rompe la estética (fijaros el texto negro que aparece en la nueva portada). Como comentan por ahí la nube de tags también me parece demasiado azul en contraste con el resto de la página.
Como comentan menéame es un clon de digg, y no veo problema en que se parezcan demasiado, tienen audiencias distintas.
Yo también pienso que cada uno tiene que saber cómo estudiar cada asignatura, yo más o menos sí que estudio como lo dice ahí, pero depende de asignaturas o de cómo las lleve. Y a mi para una ingeniería sí que me parece un buen método.
#9 siu 
